بر مبنای حكم برنامه ششم توسعه دبیرخانه مناطق آزاد تجاری و اقتصادی باید از سال اول اجرای برنامه بعنوان زیرمجموعه وزارت اقتصاد فعالیت كند، این درحالی است كه تازه ترین نامه نگاری مرتضی بانك دبیر این مجموعه با كرباسیان وزیر اقتصاد نشان داده است از سربرگهای وزارت اقتصاد برای مكاتبات سازمانی استفاده نشده است. گفتنی است، اطلاعات موجود نشان داده است كلیه سازمانهای تابع وزارت اقتصاد، مانند گمرك یا سازمان مالیاتی از سربرگ وزارت اقتصاد برای انواع مكاتبات خود استفاده می كنند. حال مشخص نمی باشد به چه دلیل دبیرخانه مناطق آزاد برای مكاتبه با مقام مستقیم بالادست خود، از سربرگ غیرمرتبط بهره برده است. یكی از تأكیدات اصلی نمایندگان در مورد الحاق دبیرخانه این مناطق به وزارت اقتصاد در زمان تصویب حكم مورد اشاره در قانون برنامه ششم توسعه، جابه جایی كلیه ساختارها و تشكیلات از ریاست جمهوری به وزارت اقتصاد بوده است، این درحالی است كه نامه زیر نشان داده است تا اواسط ماه جاری حتی در نوع سربرگهای این دبیرخانه تغییری تولید نشده است.